A metagenomika a különböző élőlényközösségek, elsősorban mikrobaközösségek, vizsgálatával foglalkozik, a közösségi DNS elemzése segítségével. A cél egy adott gazdaszervezettel kapcsolatban élő vagy a környezetben előforduló mikrobaközösség jellemzése és annak megértése, hogy ez hogyan függ össze a gazdaszervezet egészséges vagy kóros állapotával, illetve hogyan változik a közösség összetétele élőhelytípus és -állapot függvényében. A metagenomikai munkacsoport ennek megfelelően kutatja a humán mikrobiom változatosságát és szerepét különböző betegségekben, annak alakulását a terhesség alatt és átadódását anyáról a gyermekre. Vizsgálja a talaj mikrobaközösségének alakulását a mikroklíma függvényében, illetve hogy az invazív növények sikeres terjedésében van-e szerepe a velük asszociált mikrobaközösségnek. A metagenomika módszertanát alkalmazza a csoport arra is, hogy a mintában található DNS-szekvenciák elemzésével az abban megtalálható makroorganizmus-maradványokat azonosítsa, így lehetőségünk nyílik az egyed által fogyasztott táplálék fajösszetételének megállapítására vagy egy környezeti mintában megtalálható DNS-szekvenciák alapján az ott előforduló élőlények azonosítására.