A Metagenomikai Intézet örömmel fogad gyakornokokat a Debreceni Egyetem Informatikai Karán (elsősorban programtervező informatikus, mérnökinformatikus vagy adattudomány, mind BSc., mind MSc. szinten) tanuló hallgatók számára, akik érdeklődnek a metagenomika, a bioinformatika vagy általánosabban a nagy adathalmazok gépi és statisztikai feldolgozása iránt.
A szakmai gyakorlatokra vonatkozó kari szabályok az alábbi oldalon olvashatóak. A szakmai gyakorlat kötelező időtartama alapszakon 320 munkaóra, mesterszakon 240 munkaóra, azaz teljes munkaidőben két, illetve másfél hónap. Fél- vagy egyéb részmunkaidőben végzett gyakorlatra is van lehetőség, így a gyakorlat hossza arányosan hosszabb hónapokban mérve. Ha egy hallgató a kötelezőnél hosszabb ideig szeretne tapasztalatot szerezni, szívesen adunk további feladatokat. Emellett a szakmai gyakorlat során elkezdett munka alapját képezheti informatikai szakdolgozatnak, és a munkát a mesterszakos diploma megszerzését követően tovább folytatva lehetőség nyílik bioinformatikai témájú PhD-képzésben való részvételre is.
A bioinformatika napjaink gazdasági, társadalmi és egészségügyi szempontból is igen jelentős és dinamikusan fejlődő multidiszciplináris kutatási területe. A bioinformatikai elemzés során a biológiai adatokat informatikai módszerekkel és eszközökkel elemezzük és értelmezzük. A biológiai és informatikai tudományok összefonódása és az ezekkel kapcsolatos fejlesztések folyamatosan új lehetőségeket teremtenek a biológiai adatok elemzésében és értelmezésében. A biológiai adatok elemzése során az adatok hatalmas mennyisége mellett a biológiai rendszerek összetettsége állítja kihívások elé a kutatókat, így a már elterjedt módszerek használata mellett újabb módszerek és eszközök fejlesztése és adaptációja kiemelt fontossággal bír. Az örökítőanyagban tárolt információk megértése segít a kórokozók terjedésének és evolúciójának megértésében, az élőlények közötti kölcsönhatások felderítésében, de akár az ökológiai folyamatok vizsgálatában is.
A Metagenomikai Intézetben a mikrobiális közösségek genetikai anyagának összességét vizsgáljuk és célunk, hogy megértsük a mikrobák sokféleségét és azok hatását az ökoszisztémákra és az emberi egészségre. A DNS-szekvenálás és bioinformatikai adatelemzés segítségével megérthetjük a különféle mikrobiális fajok funkcióját a közösségben a génkészletük vizsgálatával és feltérképezhetjük a mikrobák közötti kölcsönhatásokat.
A gépi tanulási modellek alkalmazása a bioinformatika területén is egyre inkább elterjedt és hasznosnak bizonyuló eszköz. A hagyományos gépi tanulási módszerek (döntési fák, klaszterezés, regresszió stb.) mellett az utóbbi években egyre nagyobb teret hódít a természetes nyelvi mély neurális modellek (pl. BERT) adaptációja DNS-szekvenciákra, amelyekkel minden eddiginél nagyobb pontossággal térképezhetjük fel és értelmezhetjük a metagenomikai adatsorokat, alkalmazásuk azonban nem triviális feladat.
Az informatikus gyakornokok jellemző feladatai:
- DNS szekvenálási adatsorok elemzése,
- bioinformatikai szoftverek telepítése, konfigurálása, összehangolása más meglévő eszközökkel,
- gépi tanulási modellek fejlesztése és finomhangolása,
- feladatok automatizációja.
A gyakornok ideális esetben tud programozni valamilyen a bioinformatikában általánosan használt programozási nyelvben (Python vagy R), otthonosan mozog a Linux-parancssorban, továbbá ismeri a shellszkriptek írásának alapjait, és vannak tapasztalatai a virtuális környezetek kezelésében és konténerek (Docker, Singularity) használatában. A gyakornokkal szemben elvárás, hogy ha nem rendelkezik ezzel a tudással, illetve tapasztalatokkal, akkor legyen kész tájékozódni és elsajátítani, illetve fejleszteni a munka elvégzéséhez szükséges készségeit.
A feladat és a kutatási témák jellegéből adódóan a munkavégzés rugalmas időbeosztásban történik, akár távmunkában és részmunkaidőben.
A gyakornoki pozíció ideális lehetőséget nyújt a bioinformatika iránt érdeklődő, de a területen tapasztalattal nem rendelkező hallgatók számára, hogy megismerkedjenek ezzel a területtel, miközben lehetőséget nyújt a szakmai továbbfejlődésre.
Ha bővebb információkat szeretne kapni a Metagenomikai Intézetben végezhető szakmai gyakorlatról, vagy jelentkezni szeretne rá, kérjük, írjon a metagenomika@med.unideb.hu központi e-mail-címre. Fordulhat közvetlenül az intézet vezetőjéhez (kg@med.unideb.hu), illetve az informatikai szakmai gyakorlatért illetékes munkatársunkhoz (petho.gergely@med.unideb.hu) is.