A modern tudomány egyik legdinamikusabban fejlődő tudományterülete a közösségi, más néven metagenomika, amely eddig soha nem látott betekintést nyújt a mikrobiális közösségek sokféleségébe, dinamikájába és megengedi a mikrobiális közösségek funkcionális elemzését is. A Metagenomikai Intézet a humán, állati és környezeti metagenomika területén folytatja szerteágazó kutatásait, ami magában foglalja a mikroorganizmusok és környezetük közötti bonyolult kölcsönhatások felderítését, az emberrel vagy állatokkal együtt élő mikrobaközösség vizsgálatát, valamint a mikrobiális változatosságnak az ökoszisztémára, illetve az emberi egészségre gyakorolt szerepét. Az Intézet tudományos érdeklődési körébe tartozik a humán mikrobiom kapcsolata bizonyos betegségekkel, az állati, növényi és talajmikrobiom, valamint ezek mezőgazdasági, természet- és környezetvédelmi vonatkozásai. Az intézet fontosnak tartja az innovációt és az elérhető legfejlettebb technikák alkalmazását, amit tükröz a második és a legmodernebb, harmadik generációs szekvenálási technológiák sokrétű alkalmazása. A teljesgenom-szekvenálás elterjedésével a kutatóknak esetenként hatalmas adattömeget kell elemezniük. A mikrobiális genomikában való jártasság mellett szorosan együttműködünk az Egy Egészség Intézet bioinformatikai munkacsoportjával. Ez az intézetünkben egyedülálló multidiszciplináris megközelítés lehetővé teszi olyan újszerű kutatási projektek kidolgozását, amelyek a genomikai adatfeldolgozás módjával és optimalizációjával foglalkoznak, illetve a laboratóriumi és bioinformatikai munkafolyamatokban részt vevő kutatók szoros együttműködését és végső soron a metagenomikai folyamatok pontosabb megértését.
A Metagenomikai Intézet bekapcsolódik olyan probiotikumok fejlesztésébe, amelyek hozzájárulnak az emberi egészség megőrzéséhez. Az Intézet főként a Lactobacillales rendbe tartozó törzsekből folyamatosan bővülő probiotikum-jelölt törzsgyűjteményt tart fenn. A probiotikumoknál kiemelt fontosságú biztonságos használatuk, amelyet az Intézetben a potenciálisan probiotikumként használható baktériumtörzsek részletes genomikai elemzésével igyekszünk biztosítani.
Az Intézet fontos kutatási területe a bakteriofág-kutatás, ezen belül olyan bakteriofágok azonosítása és funkcionális jellemzése, amelyeknek potenciálisan terápiás felhasználása lehet. Az antibiotikum-rezisztencia egyre nagyobb globális problémát jelent a bakteriális fertőzések elleni küzdelemben, aminek egy lehetséges megoldása a bakteriofágok alkalmazása lehet. Az Intézet egyik jelenlegi fókusza az orvosi vagy állatorvosi jelentőségű kórokozók ellen hatékony fágok azonosítása és jellemzése, amire számos további kutatási, illetve termékfejlesztési projekt épülhet.
Összefoglalva: a Metagenomikai Intézet széles spektrumot lefedő szaktudással áll az együttműködő egyetemi és egyetemen kívüli kutatócsoportok, ipari partnerek és az egyetemi hallgatók rendelkezésére.